深牙周袋内壁的化脓性炎症向深部结缔组织扩展，而脓液无法向袋内排出时，可形成袋壁软组织内的脓肿；迂回曲折的、涉及多个牙面的深牙周袋，脓性渗出物不能顺利引流，特别是累及根分叉区时。洁治或刮治时，动作粗暴，将牙石碎片和细菌推入牙周袋深部组织，或损伤牙龈组织；深牙周袋的刮治术不彻底，导致牙周袋的袋口虽然紧缩，但牙周袋底处的炎症仍然存在，没有得到引流。牙髓治疗时根管或髓室底侧穿、牙根纵裂等，有时也可引起牙周脓肿。机体抵抗力下降或有严重的全身疾病，如糖尿病等，容易发生牙周脓肿。对多发性或反复发作牙周脓肿的患者应注意排除糖尿病的可能性。