肾盂肾炎通常是由细菌感染肾脏而引起，真菌或病毒等也可引起。致病菌可通过上行感染和血行感染肾脏，其中上行感染最多见。上行感染致病菌由尿道上行入膀胱引起膀胱炎，继而沿输尿管向上蔓延至肾脏，导致肾盂肾炎。常见的致病菌有大肠杆菌，正常人一般不易引起感染，当有以下情况时可能会发生感染。身体抵抗力下降；尿道黏膜轻度损伤，如月经期、性生活后等；泌尿系统畸形；尿路流通不畅，如输尿管结石、前列腺肥大、尿道狭窄、泌尿系肿瘤等；女性尿道短而宽，女婴尿道口易被粪便污染，因此易发生感染；插导尿管，其中留置导尿管引起感染的可能性更大；膀胱镜检查和逆行肾盂造影等检查引起感染。血行感染血行感染较少见，多见于发生败血症或感染性心内膜炎时，细菌经血液而侵入肾脏，常见的致病菌是金黄色葡萄球菌。在以下情况，抵抗力下降，更容易发生血行感染。肾脏结构受损，如多囊肾等；患有慢性疾病，如糖尿病等；长期使用糖皮质激素和免疫抑制剂等。其他尿液在肾内反流也是引起肾盂肾炎的因素之一。