医生主要根据病史、临床表现、体格检查，结合尿常规、血常规、细菌学、影像学及肾功能检查等诊断疾病。急性肾盂肾炎患者经常出现发热、寒战、腰痛、尿频、尿急、尿痛等症状。体格检查发现输尿管点和（或）肋脊点压痛、肾区叩击痛等体征。尿常规发现有白细胞管型。细菌学检查发现膀胱冲洗后尿培养阳性，细菌菌落数≥105/ml。慢性肾盂肾炎患者有反复发作尿路感染病史。影像学及肾功能检查：发现具备下列前两条中的任何一条，再加第三条可以诊断慢性肾盂肾炎。肾外形凹凸不平，且双肾大小不等。静脉肾盂造影可见肾盂、肾盏变形、缩窄。持续性肾小管功能损害。