肛裂的治疗方法有非手术治疗和手术治疗。一般会先采用非手术的方法进行治疗，经久不愈、非手术治疗无效且症状较重的患者需要采用手术治疗。非手术治疗止痛使用麻醉药（如利多卡因凝胶）、非甾体抗炎药（如双氯芬酸乳膏、布洛芬乳膏）等，可以减轻疼痛。用0.2%的硝酸甘油软膏涂抹于肛裂处，可以使内括约肌松弛，肛管压力下降，并改善局部的血液循环，也可以减轻疼痛。小剂量的肉毒素具有弱化内括约肌张力的作用。在肛裂旁注入0.1毫升稀释的肉毒杆菌毒素，可以降低肌肉的紧张度，也能减轻疼痛。用手指或器械扩张肛门，对缓解肛门剧痛也有一定的效果。促愈合使用痔疮膏、重组人表皮生长因子等药物，可以促进裂口愈合。纠正排便异常便秘时，可口服缓泻剂或石蜡油，使大便松软、润滑；还可以多吃纤维食物，保持大便通畅。大便秘结时，可以加用润肠通便的药物或服用益生菌类。清洁肛门排便后或睡前用1:5000的高锰酸钾温水坐浴，可以保持局部清洁，有利于裂口的恢复。手术治疗对于有肛裂三联征或非手术治疗无效的慢性肛裂患者，可以进行手术治疗。常用的手术方法有肛裂切除术和肛管内括约肌切断术。