儿童孤独症的治疗方法有一般治疗、药物治疗、其他治疗。药物治疗目前药物治疗尚无法改变孤独症的病程，也缺乏治疗核心症状的特异性药物，但药物可以改善患者的一些情绪和行为症状，如情绪不稳、注意缺陷和多动、冲动行为、攻击行为、自伤和自杀行为、抽动和强迫症状以及精神病性症状等，有利于维护患儿自身或他人安全、顺利实施教育训练及心理治疗。中枢兴奋药物：适用于合并注意缺陷和多动症状者，如哌醋甲酯。抗精神病药物：应小剂量、短期使用，在使用过程中要注意药物副作用，特别是锥体外系副作用。如利培酮、氟哌啶醇、阿立哌唑、奎硫平、奥氮平等。抗抑郁药物：选择性5-HT再摄取抑制剂（SSRIs）对孤独症患儿的行为和情绪问题有效。舍曲林可试用于6岁以上患儿。其他治疗目前国际上受主流医学推荐和使用的训练干预方法，为孤独症的规范化治疗提供了方向。应用行为分析疗法（ABA）：主张以行为主义原理和运用行为塑造原理，以正性强化为主促进孤独症儿童各项能力发展。训练强调高强度、个体化、系统化。孤独症以及相关障碍儿童治疗教育课程（TEACCH）训练：该课程根据孤独症儿童能力和行为的特点设计个体化的训练内容，对患儿语言、交流以及感知觉运动等各方面所存在的缺陷有针对性地进行教育，核心是增进孤独症儿童对环境、教育和训练内容的理解和服从。人际关系训练法：包括Greenspan建立的地板时光疗法和Gutstein建立的人际关系发展干预（RDI）疗法。上述治疗方法在国内一些孤独症康复机构已开展，获取了较好的治疗效果，但还需要进一步研究论证