胃肠炎通常因微生物感染引起，也可因化学毒物或药品导致。感染性胃肠炎是由病毒、细菌、寄生虫等感染引起的。病毒或细菌感染是胃肠炎最常见的病因，有多种病毒或细菌可引起胃肠炎，最常见的是轮状病毒或大肠杆菌，其次是诺沃克病毒、星状病毒和肠腺病毒。常见感染途径有：食物（尤其是海鲜），污染的水源，接触被感染者，餐具不洁，进食前未洗手等。毒物及药物可引起化学性胃肠炎。