孤立性肺结节的性质多样，出现孤立性肺结节表现的疾病种类很多，原因各不相同。感染性结节，多与病原体感染有关，如结核分枝杆菌、真菌、细菌等。对于肺恶性肿瘤，危险因素包括吸烟、大气污染、烹饪油烟、职业接触（包括砷、镉、铬、镍、石棉、煤炼焦过程、氡、电离辐射等）、饮食因素、遗传易感性、基因变异等。其他大部分孤立性肺结节原因并不明确。