通常根据流行病学史、症状、体征及常规检查等进行综合诊断，确诊依赖于病原学检查。夏秋季节发病；曾误食不洁食物；接触过菌痢患者。出现发热、腹痛、腹泻、黏液脓血便、里急后重等表现。常规检查血常规：急性菌痢患者白细胞总数和中性粒细胞比例呈轻至中度升高。慢性菌痢患者可有红细胞减少、血红蛋白低等贫血的表现。大便常规：外观多为黏液脓血便。镜检可见大量脓细胞（每高倍镜视野白细胞或脓细胞≥15个）和红细胞，并有巨噬细胞。病原学检查粪便培养志贺菌阳性可确诊。直接检查粪便中的志贺菌核酸阳性。