确诊扁桃体结石主要依靠咽部检查、探针探查、X线检查。咽部检查可观察扁桃体的大致情况，有助于疾病诊断。探针探查可探查扁桃体上是否存在结石，有助于疾病诊断。X线检查根据X线检查结果，可了解有无扁桃体结石，明确诊断本病。