胃肠道间质瘤需与黏膜来源的疾病，如增生性息肉、腺瘤性息肉等；黏膜下来源的疾病，如平滑肌瘤、平滑肌肉瘤、脂肪瘤、淋巴瘤、血管瘤、囊肿、异位组织（胰腺）、神经内分泌肿瘤、腔外压迫、盆腔内妇科肿瘤、后腹膜转移性肿瘤等相鉴别。这些疾病仅通过症状表现不易区分，需到医院就诊，请医生检查和诊断。医生会根据临床经验、病理学检查检查等结果，排除症状相似的疾病，做出诊断。