某些免疫功能极度低下的患者，肺孢子菌可经淋巴或血流播散至全身其他脏器或组织如淋巴结、肝、脾、骨髓、肾、胰腺、甲状腺、中耳、消化道等，导致全身的感染性疾病。本病还可能导致呼吸衰竭，甚至死亡。本病是艾滋病患者最常见的机会性感染，且为其主要致死原因。