确诊伪膜性肠炎需要进行体格检查、实验室检查及辅助检查等。体格检查可出现脉搏加快、血压下降、呼吸急促等休克表现，脱水征象；精神错乱等中毒变化；腹部压痛、腹肌紧张、肠胀气及肠鸣音减弱等体征。实验室检查粪便涂片检查，发现球杆菌比例增高。必要时可做粪便双酶梭状芽胞杆菌抗毒素中和法测定，以检查有无难辨梭状芽胞杆菌毒素存在。粪便细菌培养阳性（特殊培养基）。辅助检查X线检查，可见肠管胀气和液平。纤维结肠镜检查，可见黏膜发红、水肿，表面有斑块或已融合成的伪膜。