通过停用抗生素、加强支持治疗，使肠道菌群恢复，缓解症状，药物治疗无效的可采取手术治疗。药物治疗立即停用原有抗生素对疑诊患者也要及时停抗生素。对原发病必须使用者，可选用针对性强的窄谱抗生素。避免使用解痉剂和止泻药，防止毒素滞留于肠内。对重症患者应加强支持疗法，纠正水、电解质紊乱，补充血容量，补充血浆、清蛋白以增强患者的抵抗力，使患者度过危险期，为病因治疗赢得时间。病因治疗应选用针对病因有效的药物如甲硝唑、万古霉素等。恢复正常菌群可选用含嗜酸乳杆菌、双歧杆菌等药物口服，也可用灌肠来恢复患者肠道的正常菌群。手术治疗对药物治疗反应不佳的多次反复的严重病例，必要时可考虑外科手术治疗。