经过及时有效的治疗，多数患者预后良好。非重型再生障碍性贫血的患者，多数可缓解甚至治愈，但极少数可进展为重型。近10年来，随着治疗方法的改进，重型患者的预后明显得到改善，但仍有约1/3的患者死于感染和出血。