来自卵巢的畸胎瘤需要与卵巢的其它肿瘤鉴别。良性的需要与卵巢的来源于上皮性的肿瘤以及卵巢其它的良性囊肿，巧克力样囊肿等鉴别；恶性的需要与卵巢的其它恶性肿瘤以及重度子宫内膜异位症等鉴别。最后确诊需要通过病理组织检查确定。