巧克力囊肿治疗原则为“缩减与去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发”。可采用药物和手术治疗，但除根治性手术外，无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。药物治疗选对药物（甲羟孕酮、米非司酮、孕三烯酮、达那唑、GnRHa等）积极治疗并结合密切随访复查，适用于包块较小，有生育要求的轻度患者。存在一定的复发率。手术治疗有生育要求的囊肿较大者行保留生育功能手术。年轻但无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术。症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。