确诊直肠炎的主要检查包括粪便常规、病原体培养、直肠镜检查、毒素检测等。粪便常规粪便常规发现红细胞或白细胞增多，可初步了解有无细菌、病毒、感染，是否存在消化道肿瘤和自身免疫功能异常可能。病原体培养粪便病原体培养发现相应病原体（痢疾杆菌、淋球菌等），可以明确病因诊断。直肠镜检查急性直肠炎行直肠镜检查发现黏膜充血、水肿、出血、糜烂，表面有黄色脓苔或点状溃疡，可明确诊断。慢性直肠炎行直肠镜检查发现黏膜肿胀、肥厚，表面呈粗糙颗粒，有少量黏液。亦可见充血、糜烂、溃疡以及假性息肉形成等，可明确诊断。毒素检测毒素检测发现汞、砷等重金属浓度升高时，可明确病因。