直肠炎的治疗主要包括病因治疗和对症治疗。病因治疗感染引起的直肠炎，需根据病原体培养结果选用敏感药物（如红霉素、青霉素）治疗。溃疡性直肠炎、克罗恩病引起者，需给予柳氮磺吡啶、糖皮质激素、环孢素、硫唑嘌呤等药物治疗或手术治疗。重金属中毒引起者，需给予解毒剂和对症支持治疗。放射性照射引起者，可给予心理治疗、营养治疗，柳氮磺吡啶、糖皮质激素、甲硝唑、环丙沙星、益生菌等药物治疗，以及内镜治疗和手术治疗。对症治疗使用糖皮质激素灌肠液或栓剂治疗，可以缓解症状，消除炎症。