医生诊断肛窦炎主要是依据临床表现、肛门指诊、肛门镜检查来确诊的。排便时肛门疼痛，肛门常流出黏液。排大便有便不净、便意较频的感觉，也可出现肛门瘙痒。肛门指诊检查肛窦及肛乳头触痛。肛门镜检查显示肛窦、肛乳头充血和红肿。