肛窦炎以促使炎症减轻、消退、肛隐窝瘢痕闭锁为目的，以保守治疗为主，保守治疗无效者可给予手术治疗。保守疗法可以温盐水坐浴，并可在肛窦底部涂5%～10%硝酸银溶液。可用橄榄油30～60毫升灌肠。还可以给予各种痔疮栓和痔疮膏。同时需口服抗生素。手术疗法局麻下，给予肛窦切开引流术。如伴有肛乳头肥大，可行切除术。