小阴茎治疗因病因不同而采取不同的治疗方法，内分泌治疗是主要方法。内分泌治疗脑垂体功能异常，采用HCG刺激治疗。下丘脑功能异常，采用LHRH的促性腺激素释放激素直接替代。单纯睾丸功能异常，采用睾酮替代治疗。手术治疗阴茎延长术：适用于青春期后，阴茎仍较短者。不用于婴幼儿。变性手术：适用于阴茎过小，转变性别者。