由于肛管处感染、外伤或刺激所致病变，如慢性肠道炎症的刺激、习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结。排便过程中造成损伤而继发细菌感染等。由于部分肛管直肠外胚层及皮下组织的增生可导致肛乳头瘤在数目、形态及大小存在个体差异。肛乳头肥大患者大多合并肛隐窝炎。