手术疗法分为传统治疗肛乳头瘤（冰冻疗法、电灼法）和吻合器痔上黏膜环切术治疗肛乳头瘤。虽然手术治疗对肛乳头瘤是根治性的，但要严格掌握手术时机。要根据病情发展的不同时期，采用相应的综合治疗方法，对早期疾病采用一些预防性的治疗，对不能手术的患者，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，可以提高疗效。肥大性肛乳头结扎术，术后一般不再复发。根据蒂部的粗细可采用结扎术或切除术。非手术疗法对一些症状比较轻的患者，非手术疗法仍然是主要的治疗方法。坐浴法，热水坐浴每日1～2次，局部热敷，改善血液循环，促使炎症的吸收。硝酸银溶液，或龙胆紫溶液，涂以乳头上，可以治愈。