不同部位的神经内分泌肿瘤在生物学行为上略有不同，因此采取不同的分期系统，世界卫生组织（WHO）2010年胃肠胰神经内分泌肿瘤同时采用TNM分期和Stage分期。T-依据原发性肿瘤浸润程度分为：T0、T1、T2、T3、T4各期和TX（不能评定）。N-依据区域淋巴结转移程度分为：N0、N1两期和NX（不能评定）。M-依据远处转移程度分为：M0、M1两期。综合T、N、M三项将胃肠胰神经内分泌肿瘤总的分为6期：Ⅰ期、ⅡA期、ⅡB期、ⅢA期、ⅢB期、Ⅳ期，即Stage分期。胆囊、胆管和肝外胆管等的神经内分泌肿瘤分期与之略有差别。