子宫内膜异位症治疗的根本目的是“缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发”。治疗方法应根据年龄、症状、病变部位和范围以及对生育要求等加以选择。期待疗法仅适用于轻度内异症，定期随访，并对症处理轻微经期腹痛。希望生育者一般不用期待疗法，需尽早促使其妊娠，分娩后症状缓解并有望治愈。药物治疗适用于有慢性盆腔痛、经期痛经症状明显、有生育要求及无卵巢囊肿形成患者。非甾体类抗炎药、口服避孕药（最早用于治疗内异症的激素类药物）、促性腺激素释放激素激动剂、孕激素、孕激素受体拮抗剂、孕三烯酮、达那唑等治疗。手术治疗保留生育功能手术，适用于药物治疗无效、年轻和有生育要求的患者，术后尽早妊娠或使用药物以减少复发。保留卵巢功能手术，适用于III、IV期症状明显且无生育要求的45岁下的人。根治性手术，适用于45岁以上重症的人。手术与药物联合治疗术前给予3-6个月的药物治疗，使病灶缩小、软化；术后给予6个月的药物治疗，推迟复发。