结膜炎的病因可根据其不同性质分为感染性和非感染性两大类。感染性由于病原微生物感染所致的结膜炎症。常见的微生物可为细菌（如肺炎球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、脑膜炎双球菌等）、病毒（如人腺病毒株、单纯疱疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型、微小核糖核酸病毒）或衣原体。偶见真菌、立克次体和寄生虫感染。非感染性以局部或全身的变态反应引起的过敏性炎症最常见，外界的物理性刺激（如风沙、烟尘、紫外线等）和化学性损伤（如医用药品、酸碱或有毒气体等）也可引起结膜炎。还有部分结膜炎是由免疫性病变（过敏性），与全身状况相关的内因（肺结核、梅毒、甲状腺病等），邻近组织（角膜、巩膜、眼睑、眼眶、泪器等）炎症蔓延引起。