结膜刮片革兰染色和姬姆萨染色初步确定病原菌的种类和结膜的炎症反应特点，如果以多形核白细胞为主，常提示细菌感染；如单核细胞特别是淋巴细胞增多，可能是病毒性感染；如中性粒细胞和淋巴细胞各占一半，则提示衣原体感染；如在活检标本中可见嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞，应考虑过敏性结膜炎；如结膜刮片找到包涵体，有助于沙眼的确诊。结膜的细菌学检查、分泌物的细菌培养和药敏试验这些检查有助于病原学的诊断和指导治疗，如考虑是衣原体或病毒感染，可做实验室病原体分离或应用PCR技术帮助诊断。