医生诊断肠结核，主要依据临床症状、影像学检查、实验室检查及病理活检来确诊。具有结核性毒血症表现，非特异性腹痛，腹泻，腹部包块等症状。血沉加快；可见脓样便，隐血试验阳性；结核菌素试验及γ-干扰素释放试验阳性。肠镜下可见特征性的溃疡及增生性病变，能发现干酪性肉芽肿则可确诊。