生殖器疱疹需要与其他类型的生殖器部位皮肤病进行区别，比如梅毒硬下疳、软下疳，固定性药疹，Behcet综合征等。梅毒硬下疳：没有生殖器或肛周红肿和小泡等局部表现，也没有高热、乏力、头痛等全身表现；梅毒血清反应呈阳性。软下疳：实验室可以检查出Ducrey嗜血杆菌。固定性药疹：有药物过敏史，出现症状前服用了某种药物，并且皮损位置不只局限于生殖器和肛门周围。Behcet综合征：可以出现口腔溃疡，并且眼部也会有症状。