医生根据典型的临床表现和辅助检查结果诊断本病。体格检查可发现患者发音不清、食物反流入鼻腔、耳闷、阻塞感、听力下降等症状。鼻咽纤维镜检查可直观观察到腭咽部闭合状态，可用于确诊。发音测试可对腭咽闭合不全的严重程度进行分级。