确诊为功能性消化不良的患者，需要进行一般治疗和药物治疗。治疗以缓解症状，提高患者的生活质量为主要目的。一般治疗避免吸烟，饮酒酒、咖啡，避免食用可能诱发症状的食物。需服用非甾体类抗炎药的患者应该向医生告知病情，并在医生的指导下进行调整。养成良好、规律的生活习惯，保证充足的睡眠，适当参加力所能及的体力活动。药物治疗根除幽门螺杆菌治疗对Hp阳性患者根除治疗是治疗感染性功能性消化不良最有成本-效益的治疗方法。抑制胃酸分泌药常用药物为奥美拉唑、泮托拉唑等质子泵抑制剂，以及雷尼替丁、法莫替丁等H2受体拮抗剂，对反酸、恶心、易饥饿等症状有一定的缓解作用。促胃肠动力药可改善与进餐相关的上腹部症状，适用于以上腹部饱胀、早饱为主要症状的患者。常用药有多潘立酮、莫沙必利或依托必利。精神心理治疗抗抑郁药作为二线治疗药物，常用的有三环类如阿米替林，5-HT再摄取抑制药如氟西汀等。此外，行为治疗、认知疗法和心理干预等也可试用。助消化药物主要使用消化酶制剂，一般作为治疗消化不良的辅助用药，可改善与进餐相关的上腹胀、食欲差等症状。