其他自身免疫性疾病系统性红斑狼疮：亦可有多器官及系统受累及，但口干、眼干症状不明显，血清中多有狼疮特征性抗体。类风湿关节炎：干燥综合征和类风湿关节炎均可有关节肿痛及类风湿因子阳性，但类风湿关节炎主要以关节症状为主，血清中多有特征性抗体存在。IgG4相关性疾病：可有泪腺、腮腺肿大，也可合并肺部病变，但可有血清IgG4明显升高。其他系统疾病淋巴瘤，均可有淋巴结肿大，发热、疲劳等表现，但淋巴瘤可有反复持续肿大的淋巴结、脾脏增大等表现。其他能引起口眼干燥的疾病如老年性腺体功能下降所致的干燥、糖尿病等。