反流性食管炎的主要危害是影响正常生活，还可能引起其他的并发症。影响正常生活反流性食管炎患者会出现反酸、胸骨后烧灼感等症状，这些会严重影响到正常工作和生活。夜间反流严重时，还会影响睡眠。疾病后期食管瘢痕形成，会导致食管狭窄，加重吞咽困难，进食固体食物时会有堵塞感或疼痛。引起并发症病情严重时，可能引起上消化道出血、食管溃疡、食管狭窄等并发症。癌变反流性食管炎长期存在可引起巴雷特食管，巴雷特食管是部分食管腺癌的癌前病变。