经过规范治疗，大多数混合性结缔组织病预后较好，治疗效果与治疗的时间有关。早期发现疾病，并进行治疗的，治疗效果较好。如果没有影响到心脏、肺等器官，治疗效果好；反之，病变累及多处器官时，治疗效果相对较差。