预后与患者的年龄、病情、治疗是否及时有关，发病时昏迷是预后不良的重要指征；临床症状体征完全消失，脑脊液的细胞数、蛋白、糖和氯化物恢复正常提示预后良好。病死率与高龄、延迟诊断和治疗、用药不合理有关，与病人意识障碍、神经系统体征和脑脊液蛋白增高（＞3g/L）呈正相关。老年结核性脑膜炎患者临床表现不典型，全身情况差，合并症较多，病死率较高；HIV感染并发结核性脑膜炎的病死率更高。结核性脑膜炎死因常规多器官功能衰竭、脑疝等，幸存者可能遗留后遗症，如儿童精神发育迟滞、癫痫发作、视觉障碍和眼外肌麻痹等。