未经治疗的先天性脑积水，虽有20%可以停止发展，但是约半数患儿一年半内死亡。脑积水患者神经功能障碍与脑积水严重程度正相关。如大脑皮质厚度小于1厘米，即使脑积水得到控制，也会有神经功能障碍和智力低下。