引起肛瘘的原因有很多，包括以下因素。肛周脓肿大部分肛瘘是由直肠、肛管周围的脓肿引起的。脓肿自行破溃或切开引流后形成外口，位于肛门周围的皮肤上，从而形成肛瘘。直肠肛门损伤外伤、吞咽骨头或金属、使用肛门体温计、肛门镜检查等，都可能损伤直肠、肛管，细菌侵入伤口后可引起肛瘘。肛裂反复感染肛裂反复感染可以并发肛瘘。会阴部手术内痔注射误入肌层、手术后感染、产后会阴缝合后感染、前列腺或尿道手术后感染等，均可波及肛门、直肠，引起肛周脓肿及肛瘘。其他结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病、恶性肿瘤、糖尿病、白血病等疾病也可引起肛瘘，但较为少见。