治疗方法有手术治疗和药物治疗，其中以手术治疗为主，药物治疗主要是为手术治疗做准备。药物治疗药物治疗包括温水坐浴、应用抗菌药物、局部涂药和瘘管填塞，适用于脓肿初期以及术前准备。温水坐浴每天早晚及便后用1:5000高锰酸钾溶液温水坐浴，可以缓解局部疼痛，又有利于局部炎症的消散。应用抗菌药物使用抗生素，可以预防和治疗感染。局部涂药局部使用止痒软膏、金黄膏等药物，可以缓解瘙痒、减轻疼痛。瘘管填塞瘘管用0.5％甲硝唑生理盐水溶液冲洗后，自外口注入生物蛋白胶，以堵塞瘘管。这种方法适用于单纯性肛瘘，但治愈率较低。手术治疗肛瘘一旦形成，几乎不可能自愈，因此要尽早进行手术治疗。常用的手术方法有瘘管切开术、瘘管切除术和挂线疗法。瘘管切开术通过手术将瘘管切开，清除里面的脓液和瘢痕组织，是治疗肛瘘最经典与最主流的手术方式。90%以上的低位肛瘘可以采用此方法进行治疗。瘘管切除术通过手术将瘘管的全部管壁切除，比瘘管切开术创伤更大。这种方法适用于瘘管壁较硬或者较细小（不容易切开）的低位肛瘘。挂线疗法利用橡皮筋或丝线等材料缓慢剖开瘘管并引流。它的优点是对肛门括约肌的损伤较小，不容易出现术后并发症。这种方法适用于高位肛瘘。