肛瘘的预防主要包括预防便秘和腹泻，保持良好的生活习惯，积极治疗原发病。预防便秘和腹泻多吃富含膳食纤维食物，多吃新鲜水果、蔬菜，多喝水，可以预防便秘和腹泻；适当吃富含蛋白的食物，可以加强营养；还要避免进食辛辣刺激性的食物。保持良好的生活习惯定时排便，每天睡前和便后要用温水清洗肛门和肛门周围皮肤，保持肛门清洁；进行适当的运动，保持心情愉悦。这些对预防肛瘘都有一定的作用。治疗原发病如果患有便秘、肛隐窝炎、肛乳头炎等疾病，应该积极治疗，以免发展成肛周脓肿和肛瘘。