肛周脓肿治疗后的效果与脓肿的位置、大小、数量都有很大关系，如果能早发现、早治疗，一般能取得比较好的治疗效果。如果早期进行手术治疗，大部分肛周脓肿可以痊愈。脓肿位置较高时，存在复发的可能。脓肿总体复发率为10% ~15%，国外文献报道，高位复杂脓肿复发率可高达30%左右。极少数人可能因感染过重，危及生命。