脊索瘤通常会压迫神经，造成一定危害。骶尾部脊索瘤：压迫骶神经，造成下肢及臀部的相应部位麻木或疼痛。颅内脊索瘤：压迫垂体，会出现阳萎、闭经等；压迫脑干，造成步行障碍等；压迫视神经，可出现视力减退等。颅底的脊索瘤会造成严重的交通性脑积水，危及生命。