囊肿可发生于颈正中线，自舌盲孔至胸骨切迹间的任何部位，但也舌骨上下部为最常见。囊肿生长缓慢，呈圆形，临床上常见者多如胡桃大，位于颈正中部位，有时微偏一侧。质软，周界清楚，与表面皮肤及周围组织无粘连。位于舌骨以下的囊肿，舌骨体与囊肿之间可能扪及坚韧的索条与舌骨体粘连，故可随吞咽及伸舌等动作而移动。患者多无自觉症状，若囊肿发生于舌盲孔下面或前后部，可使舌根部肿胀，发生吞咽、语言及呼吸功能障碍。囊肿可经过舌盲孔与口腔相通而继发感染。囊肿感染自行破溃破，或误认为脓肿行切开引流，则形成甲状舌管瘘。亦可见出生后即存在的原发瘘。甲状舌管瘘，如长期不治还可发生癌变。