确诊间质性膀胱炎需要进行实验室化验检查，尿道膀胱镜检查，尿流动力学检查，及影像学检查。实验室化验检查尿常规，多数正常，个别可见红细胞升高。尿细菌培养阴性。尿沉渣抗酸染色阴性。影像学检查静脉肾盂造影一般正常，合并反流时可见肾积水。膀胱造影膀胱容量减少，可发现合并存在的膀胱输尿管反流。尿道膀胱镜检查是诊断间质性膀胱炎的重要方法。麻醉下实行液体膀胱扩张，在膀胱膨胀两次以上后观察，可见膀胱弥漫性的出血，发现Hunner’s溃疡有助于确诊。可同时行活组织检查。尿流动力学检查最大膀胱容量减少，膀胱顺应性差，没有膀胱逼尿肌无抑制性收缩。