多数肝囊肿生长缓慢，很少出现并发症，治疗后也可以缓解或达到治愈。一些肝囊肿过大，压迫周围组织，导致患者胃肠道症状明显，造成营养不良等。部分患者可能有囊内破裂、出血，影响治疗，给患者带来一定痛苦。肝囊肿属于良性病变，有极少被误诊为肝囊肿的肝囊腺瘤仍有恶变的可能。