确诊肝内胆管结石主要依靠影像学检查。腹部超声该项检查的目的是为了判断结石的数目、大小及位置。对肝内胆管结石有很重要的诊断价值，是肝内胆管结石首选的检查方法。CT、磁共振该检查的目的是查看肝门的位置、胆管扩张及肝脏肥大、萎缩的变化，系统地观察各个层面。该检查对本病的系统评判有很重要的作用。磁共振胆胰管成像（MRCP）该检查为了更清晰地查看胆管系统的形态结构。对于该病的治疗，有很好的指导作用。逆行胰胆管造影（ERCP）、胆道镜检查为有创性检查，对肝内胆管结石有明确的诊断及治疗价值。