根治舌下腺囊肿的方法是摘除舌下腺，残留部分囊壁不致造成复发，对口外型舌下腺囊肿，可全部切除舌下腺后，将囊腔内的囊液吸净，在下颌下区加压包扎，而不必在下颌下区作切口摘除囊肿。对全身情况不能耐受舌下腺切除的患者及婴儿，可做简单的成形性囊肿切开术，即袋形缝合术，切除覆盖囊肿的部分黏膜和囊壁，放净液体，填入碘仿纱条。如囊肿复发，待全身情况好转和婴儿长至4～5岁后再行舌下腺摘除。