根据不同的发病原因，可以分为两种舌咽神经痛，分别为原发性舌咽神经痛和继发性舌咽神经痛。主要有以下临床表现：疼痛发生的部位在一侧舌根、咽喉、扁桃体、耳根部和颌后部，有时主要表现为耳根部疼痛。与三叉神经痛的疼痛性质相同，通常会骤然发作突然停止，发作时间持续数秒或数十秒，一般情况下不会超过两分钟，剧烈疼痛可以呈现出刀割、针刺、撕裂等。吞咽、说话、咳嗽等情况会诱发疼痛。一般情况下会有疼痛触发点，大多数在咽后壁、舌根、扁桃体等部位，还有少数患者出现在外耳道。吞咽会诱发发作疼痛，虽然无任何异常发作间歇，但是由于担心诱发疼痛会出现不敢进食的情况，所以患者会出现消瘦、脱水等症状。患者不会出现神经系统症状，经检查结果也显示正常。