医生通过症状、妇科检查、HCG检查、超声或者MRI、腹腔镜检查等可以诊断输卵管妊娠。症状为停经、阴道出血、腹痛或盆腔痛，突然破裂会有撕裂样下腹痛，伴有大量内出血时还会出现休克等。不同孕周出现的症状不同，孕早期的输卵管妊娠症状和流产有些相似。妇科检查子宫颈是否光滑及着色、触痛等，宫口有无扩张或组织堵塞，子宫大小，是否有宫旁占位及压痛。HCG检查两次或者多次检查血HCG，如果间隔48小时HCG水平不能翻倍，且孕酮较低者考虑流产或输卵管妊娠可能性较大。B超检查既往月经周期正常且规律，孕6周时在超声下子宫内未看到胚囊和（或）在附件区、后穹隆有包块要考虑输卵管妊娠可能；如果在附件区看到孕囊及心血管搏动即可确诊。磁共振检查对于高度怀疑输卵管间质部妊娠或者宫角妊娠者必要时需要磁共振检查确定孕囊位置，决定治疗方式。腹腔镜检查一般超过孕5周的异位妊娠或者高度怀疑异位妊娠但无法明确妊娠部位，合并盆腹腔内大出血者可以腹腔镜检查发现和治疗。由于超声联合血HCG检查诊断已经非常准确，所以很少使用腹腔镜来诊断很早期的输卵管妊娠。