外科手术切除仍然是目前治疗腺样囊性癌的主要手段。术后可选用化疗配合放疗，对于晚期病例，可选用综合治疗。外科治疗局部大块切除是根治腺样囊性癌的主要原则，即在功能影响不大的情况，尽可能切除肿瘤周围组织，术中可做冷冻切片检查，术后常需配合放疗，以杀灭可能残留的肿瘤细胞。术后可选用化疗，以预防血道转移。颈淋巴结转移率在10％左右，转移都是肿瘤直接侵入淋巴结，其周围软组织都有瘤细胞浸润，未见瘤栓转移的病例。因此腺样囊性癌患者不必做选择性淋巴结清扫术。复发性或晚期肿瘤除做广泛切除外，术后可配合放射治疗。对于一些失去手术机会的病例，也可以采用放射治疗控制发展。综合治疗对于晚期病例，累及眼球及眼眶组织者，则需作眶内容摘出术，辅以放射治疗。