先天性肥厚性幽门狭窄病因至今尚无定论，可能与先天性幽门肌层发育异常、遗传因素、胃肠激素、神经发育异常等因素有关。先天性幽门肌层发育异常在胚胎4～6周幽门发育过程中，肌肉发育过度，肌肉肥厚到一定的临界值时，致使幽门肌尤其是环肌肥厚而致梗阻。遗传因素发病有明显的家族性。父亲或母亲有本病史者，其子代患病率可高达7%左右；若患者的母亲有本病史，子代发病机会比患者的父亲有本病史者的发病机会高。胃肠激素研究注意到，患儿幽门环肌中的脑啡肽、P物质和血管活性肠肽有不同程度的减少；患儿血清前列腺素水平、促胃液素增高；使用外源性前列腺素E维持动脉导管开放时容易发生幽门狭窄；患儿幽门组织一氧化氮合酶减少等。